建設凈化車間要考慮的問題眾多，一旦凈化車間工程檢測不合格，必然是要進行二次調整，這樣會造成時間、人力、物力等浪費，所以專業的實施方應在建設時可以避免的問題的出現。
1.凈化車間中，對凈化空調系統自凈時間的設置是十分重要的。應根據企業實際需要設置空調系統時間的長短，如運行時間過短，易造成工程檢驗不合格現象。
2.密封性是工程的關鍵。對送風管進行檢漏的方式應采用漏光試驗法，而過濾器設備則使用粒子計數器掃描，這樣可以避免密封性能不好現象。
3.當回風口受到很大阻力時，會造成回風量小于送風量的現象，這時會出現實驗室潔凈度不達標。
4.凈化車間中常見的問題就是在設計時，由于受空間大小所限制，造成回風管道沒有使用頂送側回的方式或是風口數量達不到而導致檢測時工程不合格。