空氣凈化一方面是送入潔凈空氣對室內污染空氣進行稀釋，另一方面是迅速排出室內濃度高的污染空氣。為保證生產環境或其他用途的潔凈室所要求的空氣潔凈度，需要采取多方面的綜合措施，一般包括以下幾個方面：

(1)控制污染源，減少污染發生量這主要涉及發生污染的設備的設置與管理，以及進入潔凈室的人與物的凈化。盡量采用產生污染物質少的工藝及設備，或采取必要的隔離和負壓措施，防止生產工藝產生的污染物質向周圍擴散；減少人員及物料帶入室內的污染物質。例如，固體制劑的許多工藝中，粉體在干燥狀態下進行處理，必然會產生粉坐，為防止其擴散和污染空氣，產塵部位常果用局部排風排施。對于某些生產工藝，例如藥廠生產工藝過程中散發的乙醇、甲醇、乙醚等蒸氣或氣體，主要是采取送風、排風配合使其稀釋到允許濃度以下，以防止爆炸等情況發生，一般不另采取凈化指施。

(2)有效地阻止室外的污染物侵入室內(有數地防止室內的污染物逸至室外)這是潔凈室控制污染的最主要途徑，主要涉及空氣凈化處理的方法、室內的壓力控制等。對于空調送風采用三級過濾措施：通過粗、中、高效三級過濾，層層攔截，將塵粒阻擋在高效過濾器之前，將潔凈空氣送入室內。根據房間的潔凈度要求，用不同方式送人經過特定處理的、數量不等的清潔空氣，同時排走相應量的攜帶有室內污染物質的空氣，靠這樣一種動態平衡，使室內空氣維持在要求的潔凈度水平。由此可見，對送入空氣的凈化處理是十分關鍵的一環，這就是潔凈室換氣次數大大超過一般空調房間的原因。潔凈度級別越高，其換氣次數越多。例如潔凈度級別為7級的潔凈室要求每小時換氣次數不少于15次，潔凈度級別為6級的潔凈室要求每小時換氣次數不少于50次。對于室內正壓的控制，工業潔凈室和一般生物潔凈室采用正壓措施。在一個大的空間，要絕對封閉是不可能的。為此，在空調設計中均采取潔凈室的靜壓高于周圍環境一定值的措施。這樣在使用潔凈空調時，只允許室內潔凈空氣往外漏，而避免室外空氣往里滲，即防止室外或鄰室的空氣攜帶污染物質通過門窗或縫隙、孔洞侵入造成污染。

(3)迅速有效地排除室內已經發生的污染這主要涉及室內的氣流組織，也是體現潔凈室功能的關鍵。合理的氣流組織，即通過送風口與回風口位置、大小、形式的精心設計，使室內氣流沿一定方向流動，防止死角及造成二次污染。不同的氣流組織直接影響施工的難易程度及工程造價。一般潔凈度級別高于5級的潔凈室均采用單向流，其中以垂直單向流效果最好，但造價也最高。潔凈度級別為6~9級的潔凈室則采用非單向流的氣流組織。

(4)流速控制潔凈室內空氣的流動要有一定速度，才能防止其他因素(如熱流)的擾亂。但又不能太大，流速太大將使室內積塵飛揚，造成污染。

(5)系統的氣密性不僅通風系統本身要求氣密性好，對建筑各部結合處、水暖電工藝管穿越圍護結構處也應堵嚴，防止滲漏。一般看得見的縫隙、裂縫均無法阻止0.5μm粒徑的粉塵通過。

(6)建筑上的措施涉及建筑物周圍環境的設計、建筑構造、材料選擇、平面布局、氣密性措施等設計。例如，采用產塵少、不易滋生微生物的室內裝修材料及家具。